O DEP foi criado na década de 90 para implementar, sistematizar e organizar o ensino e pesquisa nas CAL. Oferece cursos aos funcionários onde alguns são organizados pelo DEP, como por exemplo, o 1º Curso de Capacitação de Pesquisadores. Executa as diretrizes decididas pela diretoria, de acordo com a Visão da Instituição:

“Tornar-se referência internacional de assistência especializada às pessoas com deficiência mental, atendendo as suas necessidades espirituais e materiais, estendendo a sua atuação à educação e à evolução cientifica”.